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El curso de Fase Común es un curso de perfeccionamiento dirigido a oficiales de arma en el grado de Alférez de Fragata con una duración de seis meses, bajo la modalidad semipresencial y es considerado un requisito de ascenso al inmediato grado superior. Este curso es planificado por la Academia de Guerra Naval y realizado en las instalaciones de la Comandancia de la Escuadra y del Centro de Especialidades y Capacitación en la Base Naval Sur y tiene como objetivo entregarle conocimientos comunes en forma previa a la elección de su especialidad y para el ejercicio de sus funciones como oficial de división.

El curso de Dirección Técnico y Servicios un curso presencial, de perfeccionamiento, dirigido a oficiales técnicos y de servicios en el grado de Tenientes de Navío con un tiempo de duración de nueve meses, que tiene la finalidad de complementar la experiencia adquirida durante su carrera con competencias específicas que les permitan  desempeñarse  con integridad en sus futuros cargos y ejercer funciones de asesoramiento, comando y dirección relacionados con el poder marítimo nacional.


El curso de Estado Mayor Arma es un curso de perfeccionamiento dirigido a oficiales de arma en el grado de capitán de corbeta, tiene una duración de doce meses, bajo la modalidad semipresencial y es considerado un requisito de ascenso al inmediato grado superior. Este curso es realizado en la Academia de Guerra Naval ubicado en la provincia del Guayas, cantón Guayaquil y tiene como finalidad la de capacitar al oficial en la concepción y preparación de las operaciones navales a nivel operacional y en su conducción al nivel táctico operacional, y para ejercer sus funciones como director en las direcciones generales técnicas y apoyo y repartos en tierra.

El curso de Estado Mayor de Técnico y Servicio es un curso de perfeccionamiento dirigido a oficiales técnicos o de servicio en el grado de capitán de corbeta, tiene una duración de doce meses, bajo la modalidad semipresencial y es considerado un requisito de ascenso al inmediato grado superior. Este curso es realizado en la Academia de Guerra Naval ubicado en la provincia del Guayas, cantón Guayaquil, y tiene como finalidad la de capacitar al oficial para que se desempeñe como jefe de los departamentos de Logística y Personal de un Estado Mayor a nivel operacional y en el ejercicio de sus funciones como director en las direcciones generales técnicas y apoyo y repartos en tierra.


El curso de Comando es un curso de perfeccionamiento dirigido a oficiales de arma en el grado de teniente de navío, tiene una duración de doce meses, bajo la modalidad semipresencial y es considerado un requisito de ascenso al inmediato grado superior. Este curso es realizado en la Academia de Guerra Naval ubicado en la provincia del Guayas, cantón Guayaquil y tiene como objetivo capacitar al oficial en la concepción y preparación de las operaciones navales a nivel táctico operacional y en su conducción al nivel táctico, y para ejercer sus funciones como jefe de departamento en unidades mayores y repartos en tierra.


El curso de Superior Militar es un curso de perfeccionamiento dirigido a oficiales especialistas en el grado de capitán de fragata, tiene una duración de seis meses, bajo la modalidad semipresencial y es considerado un requisito de ascenso al inmediato grado superior. Este curso es realizado en la Academia de Guerra Naval ubicado en la provincia del Guayas, cantón Guayaquil y tiene como objetivo capacitar al oficial para que se desempeñe como miembro de los departamentos de logística y personal del Estado Mayor a nivel operacional y en el ejercicio de sus funciones como director, subdirector y jefe de departamento en el área de su especialidad.


El curso de Conducción Naval es un curso de perfeccionamiento dirigido a oficiales de arma en el grado de Teniente de Fragata con una duración de seis meses, bajo la modalidad semipresencial y es considerado un requisito de ascenso al inmediato grado superior. Este curso es planificado y realizado en la Academia de Guerra de la Base Naval Norte y tiene como objetivo capacitar al oficial en el comando de unidades menores; como jefe de un equipo de combate naval; y, en el ejercicio de sus funciones como oficial de División y jefe de Departamento de unidades operativas y repartos de apoyo en tierra.


El curso de Fase Común es un curso de perfeccionamiento dirigido a oficiales de arma en el grado de Alférez de Fragata con una duración de seis meses, bajo la modalidad semipresencial y es considerado un requisito de ascenso al inmediato grado superior. Este curso es planificado por la Academia de Guerra Naval y realizado en las instalaciones de la Comandancia de la Escuadra y del Centro de Especialidades y Capacitación en la Base Naval Sur y tiene como objetivo entregarle conocimientos comunes en forma previa a la elección de su especialidad y para el ejercicio de sus funciones como oficial de división.

El curso de Perfeccionamiento de Abastecimiento es un curso de perfeccionamiento dirigido a oficiales de servicios en el grado de Alférez de Fragata con una duración de seis meses, bajo la modalidad semipresencial y es considerado un requisito de ascenso al inmediato grado superior. Este curso es planificado por la Academia de Guerra Naval y realizado en las instalaciones de la Comandancia de la Escuadra y del Centro de Especialidades y Capacitación en la Base Naval Sur y tiene como objetivo de capacitar al oficial para que se desempeñe como oficial de división de unidades operativas y repartos de apoyo en tierra.


El curso de Orientación Avanzada de Especialistas es un curso presencial, de perfeccionamiento, dirigido a oficiales especialistas en el grado de Capitán de Corbeta, con un tiempo de duración de cinco meses, el mismo que se realiza en la Academia de Guerra Naval, instituto de perfeccionamiento de oficiales de la Armada del Ecuador ubicado en la ciudad de Guayaquil.